Perguruan Tinggi Islam Negeri di Indonesia berada di bawah tanggungjawab Departeman Agama. Ada tiga jenis perguruan tinggi yang termasuk ke dalam kategori ini, yaitu Universitas Islam Negeri (UIN), Institut Agama Islam Negeri (IAIN), dan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN). Di setiap provonsi di Indonesia terdapat satu UIN, IAIN, atau STAIN.
Berikut adalah daftar UIN, IAIN, dan STAIN se Indonesia:
Universitas Islam Negeri
• UIN Alauddin, Makassar
• UIN Sulthan Syarif Qasim, Pekanbaru
• UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta
• UIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta
• UIN Malang, Malang
• UIN Sunan Gunung Jati, Bandung
Institut Agama Islam Negeri
• IAIN Ar-Raniry, Banda Aceh
• IAIN Banten
• IAIN Imam Bonjol, Padang
• IAIN Sultan Thaha Saifuddin, Jambi
• IAIN Raden Fatah, Palembang
• IAIN Raden Intan, Bandar Lampung
• IAIN Antasari, Banjarmasin
• IAIN Alauddin, Makassar > sudah menjadi UIN
• IAIN Sunan Ampel, Surabaya
• IAIN Walisongo, Semarang
• IAIN Mataram, Lombok NTB
Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri
• STAIN Padang Sidempuan, Sihitang, Tapanuli Selatan (Sumatera Utara)
• STAIN Prof. Dr. H. Mahmud Yunus, Batusangkar, Tanah Datar (Sumatera Barat)
• STAIN Syekh M. Djambek, Bukittinggi (Sumatera Barat)
• STAIN Kerinci Sungai Penuh, Sungai Penuh, Kerinci (Jambi)
• STAIN Curup, Rejang Lebong (Bengkulu)
• STAIN Bengkulu, Bengkulu (Bengkulu)
• STAIN Jurai Siwo Metro, Metro (Lampung)
• STAIN Sultan Maulana Hasanuddin, Serang (Banten)
• STAIN Cirebon, Cirebon (Jawa Barat)
• STAIN Purwokerto, Purwokerto (Jawa Tengah)
• STAIN Surakarta, Surakarta (Jawa Tengah)
• STAIN Kudus, Kudus (Jawa Tengah)
• STAIN Salatiga, Salatiga (Jawa Tengah)
• STAIN Pekalongan, Pekalongan (Jawa Tengah)
• STAIN Watoe Dhakon, Ponorogo (Jawa Timur)
• STAIN Tulungagung, Tulungagung (Jawa Timur)
• STAIN Kediri, Kediri (Jawa Timur)
• STAIN Jember, Jember (Jawa Timur)
• STAIN Pamekasan, Pamekasan (Jawa Timur)
