Fakultas kedokteran di Indonesia terdapat pada perguruan tinggi negeri maupun swasta. Berikut adalah daftar universitas yang memiliki fakultas kedokteran:
• Nanggroe Aceh Darussalam
o Universitas Syiah Kuala, Banda Aceh
o Universitas Abulyatama, Aceh Besar
• Sumatera Utara
o Universitas Sumatera Utara, Medan
o Universitas Islam Sumatera Utara, Medan
o Universitas Methodist Indonesia, Medan
• Sumatera Barat
o Universitas Andalas, Padang
o Universitas Baiturrahmah, Padang
• Sumatera Selatan
o Universitas Sriwijaya, Palembang
• Lampung
o Universitas Lampung, Bandar Lampung
o Universitas Malahayati, Bandar Lampung
• DKI Jakarta
o Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya, Jakarta
o Universitas Indonesia, Jakarta
o Universitas Kristen Krida Wacana, Jakarta
o Universitas Kristen Indonesia, Jakarta
o Universitas Muhammadiyah Jakarta, Jakarta
o Universitas Pembangunan Nasional Veteran, Jakarta
o Universitas Tarumanagara, Jakarta
o Universitas Trisakti, Jakarta
o Universitas YARSI, Jakarta
• Banten
o Universitas Pelita Harapan, Tangerang
• Jawa Barat
o Universitas Kristen Maranatha, Bandung
o Universitas Padjajaran, Bandung
o Universitas Jenderal Ahmad Yani, Bandung
o Universitas Islam Bandung, Bandung
• Jawa Tengah
o Universitas Diponegoro, Semarang
o Universitas Islam Sultan Agung, Semarang
o Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto
o Universitas Muhammadiyah Surakarta, Surakarta
o Universitas Negeri Sebelas Maret, Surakarta
• Jawa Timur
o Universitas Airlangga, Surabaya
o Universitas Hang Tuah, Surabaya
o Universitas Wijaya Kusuma, Surabaya
o Universitas Brawijaya, Malang
o Universitas Muhammadiyah Malang, Malang
o Universitas Islam Malang, Malang
o Universitas Jember, Jember
• Yogyakarta
o Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta
o Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, Yogyakarta
o Universitas Islam Indonesia, Yogyakarta
• Bali
o Universitas Udayana, Denpasar
• Nusa Tenggara Barat
o Universitas Mataram, Mataram
• Kalimantan Barat
o Universitas Tanjungpura, Pontianak
• Kalimantan Selatan
o Universitas Lambung Mangkurat, Banjarmasin
• Kalimantan Timur
o Universitas Mulawarman, Samarinda
• Sulawesi Utara
o Universitas Sam Ratulangi, Manado
• Sulawesi Selatan
o Universitas Hasanuddin, Makassar
o Universitas Muslim Indonesia, Makassar
• Papua
o Universitas Cendrawasih, Jayapura
